Ibrahim Sjarief Assegaf meninggal dunia pada Selasa, 20 Mei 2025, pukul 14.29 WIB di Rumah Sakit Pusat Otak Nasional (RS PON), Jakarta Timur. Kabar duka ini dikonfirmasi oleh pihak keluarga dan diumumkan melalui akun resmi Narasi, media yang didirikan oleh Najwa Shihab. Jenazah disemayamkan di rumah duka di kawasan Cilandak Timur, Jakarta Selatan, dan dimakamkan pada Rabu, 21 Mei 2025, di Tempat Pemakaman Umum (TPU) Jeruk Purut, Jakarta Selatan.
Ibrahim Assegaf meninggal dunia akibat stroke hemoragik, yaitu jenis stroke yang terjadi karena pecahnya pembuluh darah di otak, menyebabkan perdarahan dan kerusakan jaringan otak. Kondisi ini dapat menyebabkan gejala seperti sakit kepala hebat, mual, muntah, hingga kehilangan kesadaran. Stroke hemoragik merupakan kondisi medis darurat yang memerlukan penanganan segera.
Ibrahim Assegaf menikah dengan Najwa Shihab pada Oktober 1997. Pasangan ini dikaruniai dua orang anak: Izzat Ibrahim Assegaf dan Namiyah binti Ibrahim Assegaf. Sayangnya, putri mereka, Namiyah, meninggal dunia beberapa jam setelah dilahirkan.